2002 : Dernières élections prud'homales. La CGT reste net leader avec 32,13 % des voix (-0,98%) devant la CFDT 25,33%.

2003 : Retraites : importants mouvements sociaux contre le projet de Loi Fillon (mai-juin)

2005 : Le 9 février, le comité confédéral national (CCN), le « parlement » du syndicat, recommande le rejet de la constitution européenne, contre l'avis du secrétaire général Bernard Thibault. Le congrès de 2006 est avancé de quelques mois.

2006 : La CGT tient son 48^e Congrès à Lille du 24 au 28 avril. Participe au grand mouvement social contre le Contrat première embauche, disposition législative finalement abandonnée.